Zahlreiche Browsergames spielen im Weltraum oder auf der Erdoberfläche. Deepolis geht jedoch in eine ganz andere Richtung der Browsergames, denn Deepolis spielt in der nahen Zukunft, in welcher der Mensch bereits bis in die Tiefen der Meere vorgestoßen ist.
In Deepolis gilt es, die Meere mit futuristischen U-Booten zu erkunden. Der Spieler muss sich zwischen drei Mächten entscheiden, die das Unterwasserreich unter sich aufgeteilt haben. Diese drei Deepolis Gruppen sind die Jafnhar, die sich bestens im Unterwasserkampf auskennen, die Scion, denen, entgegen der draufgängerischen Kampflust der Jafnhar, ihre Verteidigung wichtiger ist und die Nauten, die eine passive und parteilose Position einnehmen und sich bestens im Handel verstehen. Den Nauten jedoch ist ein hoher Gewinn wichtiger als Sieg oder Niederlage in einem Kampf.
Der Spieler erhält zu Beginn des Spiels Deepolis ein U-Boot mit einer bereits vorhandenen Grundausstattung. Mit diesem kann der Spieler sofort die weite Unterwasserwelt von Deepolis erkunden und wertvolle Rohstoffe sammeln, die er sowohl an seine eigene Gruppe, als auch an seine Gegner verkaufen kann. Auf eine ausreichende Bewaffnung und einen ausreichenden Schutz sowie einen Fluchtweg, um durch einen Hinterhalt nicht in einer Falle gefangen zu sein, sollte der Spieler in Deepolis stets achten. Überall lauern Gefahren, denn der Feind könnte sich in jeder noch so kleinen Ecke befinden. Daher sollte der Spieler dafür sorgen, dass er sein U-Boot immer weiter aufrüstet und nach und nach mit den besten Waffen und Schilden ausstattet, sodass er am Ende selbst auf die Jagd nach seinen Feinden gehen kann und nicht zum Gejagten wird. Denn mit jedem Sieg über den Gegner erhält der Spieler dessen Schiffsladung.
In Deepolis können verschiedene Spieler eine Gruppe bilden und so gemeinsam gegen ihre Feinde in den Krieg ziehen. So kann jede Gruppe, die sich erfolgreich gegen ihre Gegner behauptet, die führende Macht in Deepolis werden.